In Missie Marinemuseum gaan kinderen in de leeftijd van 9 tot en met 12 jaar met een trainingsboekje als verkenner op onderzoek uit. Ze zien op deze manier het hele museum. Goed kijken en meedoen wordt beloond met een geheime code die toegang geeft tot het laatste deel van de missie waarin de kinderen een schip bezoeken. De spannende sfeer waarin Missie Marinemuseum zich afspeelt kan op school al beginnen. Scholen die een reservering maken ontvangen per post een Top Secret pakket.