De Ruïnekerk is een geliefde locatie voor muziekuitvoeringen en wordt vanwege de uitstekende acoustiek zeer gewaardeerd door musici en het publiek.
Er zijn drie vaste programma's:
De stichting Muziek in de Ruïnekerk organiseert op 6 zondagmiddagen in het winterseizoen concerten klassieke kamermuziek.
In de zomer zijn er een maand lang iedere avond en vaak ook
's middags concerten en master classes van Holland Music Sessions.
Verder zijn er in de winter op zeven vrijdagavonden concerten van Hedendaagse Muziek.
Daarnaast vinden er regelmatig andere muziekuitvoeringen plaats, waaronder (orgel)concerten.